Rob được sinh ra ở Calabasas, California. Ông hiện đang sống ở Los Angeles. Ông lớn lên ở cùng thị trấn với thành viên ban nhạc Incubus và Hoobastank.Là thành viên trẻ nhất ban nhạc, Bourdon đã gặp tay trống từ Aerosmith là Joey Kramer, và ông đã được truyền cảm hứng để học cách chơi trống.[4] Ông theo học Trường Cao học Agoura ở Agoura Hills. Sau khi gia nhập ban nhạc jazz ở trường cao học trong năm thứ 2 của mình, ông đã gặp Brad Delson và Mike Shinoda, cả hai người họ đều sống gần đó ở San Fernando Valley. Bourdon và Delson sau này thành lập ban nhạc của riêng họ, Relative Degree. Mục tiêu của họ là được chơi ở Nhà hát Roxy, và sau khi đạt được thành công với một buổi diễn cháy vé, Relative Degree tự động tan rã.